「皈」（通），有歸還，歸向的意思。「依」，有依持的意思。「三寶」，有「事相三寶，理性三寶，自性三寶」。
一、理性三寶
「羯磨經」上說：皈依「佛」，是於佛之法身，卽是一切「正徧知」，「無學」（進趣圓滿止息修習）功德，「五分」（戒、定、慧身心解脫、知解脫滿分無漏）圓滿具足的三世諸佛。皈依「法」，是歸於自他盡處，是說斷欲無欲，無上正等正覺的涅槃妙諦。皈依「僧」，是歸於第一義僧，是說能為良祐福田，有學無學功德的清淨眾。以上所言，為「理性三寶」。
二、自性三寶
「宗鏡錄」：眾生眼、耳、鼻、舌、身、意「六根」，都是從一念心起作用。但眾生的心，從來駛散於「六塵」，逐漸背離自己本身的「心原覺體」。「皈依」就是叫我們把持命根，總攝六塵（眼、耳、鼻、舌、身、意的識歸還本原一心，所以又叫做「歸命」。一心卽具「三寶」，又可稱為「一體三寶」。心性自能覺照，覺照卽是「佛寶」；心體本自性體，性體卽是「法寶」；心體無二，本自清淨，卽是「僧寶」。從前僧璨禪師問慧可禪師說：「祇要看到和尚你，卽知道是僧。但不知道甚麼是佛？甚麼是法？」慧可禪師答說：「這個心卽是佛，這個心卽是法，法佛不二你懂了嗎？這是「自性三寶」的意義。
三、事相三寶
凡夫眾生迷誤太深，自不易從理性三寶、自性三寶處獲得皈依，猶如失却羅盤的舟航，在茫茫大海中，不易認清方向。因此「事相三寶」，才是初學佛的真正皈依處。
「事相三寶」中的「佛」，卽有歷史可考，以八相成道，證得無上正等正覺的佛教教主「釋迦牟尼」佛，眾生依之，可為至善標準。「法」，卽「釋迦」佛遺留世間的五時八教、三藏十二部經典。眾生依教奉行可得正覺。「僧」，是捨親割愛，持戒學佛，踐行佛道，演佛遺教的出家僧眾。「事相三寶」，以「僧」為主體。佛世距今二三千年，今天所見者，祇是雕、塑、鑄、印的各式佛像，非由僧之行儀，難竅分毫。三藏十二部法典，盡為白紙黑字，非由僧弘揚，難識其義理。
「大方便經」上的「三皈」，是把身、口、意「三業」，皈依於代表「戒、定、慧」三無漏學的「佛、法、僧」。
「華嚴經」上說：「自皈依佛，當願眾生體解大道，紹隆佛種。自皈依法，當眾生深入經藏，智慧如海。自皈依僧，當願眾生統理大眾，一切無礙」。
「折伏羅漢」經，載一有關皈依的故事，語譯於下面：從前忉利天的天主。壽命將盡的時候，現五種衰相。以其神通觀知，壽終將墮豬胎中，於是終日悶悶不樂。有一位天神告訴他說：「佛能解脫你的惡業。」他聽了半信半疑，心想：「我是萬王之王的天神，尚且要墮豬胎，佛有何德何能，可使我解脫。」但自己又沒有更好的辦法，俗語說「有病亂投醫」，不得已，跑到佛那裏，頂禮懇求。佛告訴忉利天主說：「一切萬物都歸於無常，你素來是知道，何必為此而憂愁呢？」天主道：「無常之理，我是知道的，但墮入豬胎，我不願意。」佛說「欲離豕身，當誦三皈。」天主於是從佛所教。早晚誦念：「自歸依佛，當願眾生體解大道，發無上心。自皈依法，當眾生深入經藏，智慧如海。自皈依僧，當願眾生統理大眾，一切無礙，和南聖眾。」邊念邊發願。當他壽盡了時，下生維耶離國，為長者之子。當在母胎中，每天自誦三皈。及至降生墮地，也還是跪地自皈。全家人大為驚異，認為是妖怪，想殺掉他。但是他的父親比較有見識，向大家說：「此兒不是平凡之輩，世上很多人活到一百歲，尚且不知道皈依三寶，何況初墮地孩兒，卽知道誦念佛法僧，太不尋常了，不但不可殺他，並且應該好好的養育他。」這孩子七歲時就知道禮敬僧寶，後來成為大善長者。
